Giresun İli Görele İlçesinde doğdu. İlköğretimini Görele’de, Ortaöğretimini Samsun’da tamamladı. 1988 yılında Diyanet İşleri Başkanlığı bünyesinde memuriyet hayatına başladı ve çeşitli unvanlarda görev yaptı. 1996 yılında Sosyal Bilimler, 2000 yılında da İktisat Fakültesi Kamu Yönetimi Bölümünü bitirdi. 2005 yılında Kurumlar arası geçiş yaparak, Giresun İl Özel İdaresine bağlı Görele İlçe Özel İdare Müdürlüğüne atandı.  Sırasıyla, Şebinkarahisar ve Eynesil İlçe Özel İdare Müdürlüğü görevlerinde bulundu. 12.12.2011 tarihinde İnsan Kaynakları ve Eğitim Müdürlüğü görevine atanan Muzaffer ÇÖTEN; Evli ve 3 çocuk babasıdır.